Los alimentos con un bajo contenido de humedad, como cereales o frutos secos, se han considerado tradicionalmente seguros en cuanto a la contaminación microbiana, ya que la mayoria de bacterias necesitan una actividad de agua (Aw) mayor para poder crecer. Sin embargo, desde el 2001 se han detectado numerosos brotes alimentarios, principalmente causados por Salmonella spp.,  asociados a su consumo. El Codex Alimentarius establece Buenas Prácticas de Higiene y Producción para controlar este riesgo.

Las cepas de Escherichia coli patogénicas con habilidad para producir toxinas Shiga (STEC) son una causa importante de enfermedades transmitidas por los alimentos. Un informe de FAO/OMS recopila la información disponible sobre estas bacterias en relación a su carga global de enfermedad, su presencia en alimentos, asi como la identificación y monitorización de sus peligros asociados. 

La tecnología de biosensores basada en papel ha abierto una nueva era de creación de dispositivos sencillos y económicos de detección rápida de microorganismos. Un ejemplo de ello es el desarrollo de una herramienta para la detección rápida y específica de la bacteria Escherichia coli en el agua, basada en reacciones enzimáticas que tienen lugar directamente sobre un sustrato de papel. 

Las cartas de los restaurantes, si no se limpian y desinfectan de forma regular, pueden representar una fuente de contaminación cruzada entre las manos de los clientes que las leen y los alimentos que se consumen en los locales, actuando como posibles vectores de ciertas enfermedades gastrointestinales. Es la conclusión de un estudio realizado en el Basque Culinary Center(BCC) de Donostia.