El análisis de SARS-CoV-2 en aguas residuales se considera una fuente de información complementaria rentable, rápida y fiable sobre la propagación del agente causal de la Covid-19 en las poblaciones. En el marco de una estrategia comunitaria para afrontar el incipiente peligro de las nuevas variantes del virus, la CE ha emitido una Recomendación para incluir en los sistemas de vigilancia de las aguas residuales el análisis sistemático de posibles variantes del SARS-CoV-2 .

Nuevas variantes del coronavirus SARS-CoV-2 están evolucionando y propagándose por Europa y a nivel global. Algunas de ellas, con mayor transmisibilidad y/o mayor propensión a causar cuadros clínicos graves, constituyen un nuevo reto para la contención de la pandemia de Covid-19. 

La detección temprana de estas variantes es fundamental para poder dar respuesta rápida y oportuna a posibles riesgos emergentes, por lo que es importante utilizar todos los medios disponibles para ello. Entre estos, la vigilancia del coronavirus en las aguas residuales ha demostrado ser una fuente de información rentable, rápida y fiable  para observar tendencias sobre la propagación del virus en la población. Esta información puede utilizarse con fines preventivos, de alerta temprana o de supervisión de la eficacia de las medidas adoptadas previamente.

La CE considera que el seguimiento del virus en las aguas residuales es una herramienta complementaria, que debe incluirse de manera más sistemática que actualmente en las estrategias nacionales de detección del SARS-CoV-2 y también en el análisis de la presencia de variantes del virus. Por ello ha emitido una Recomendación dirigida a los Estados Miembros para conseguir un enfoque común a nivel de la UE.

Recomendación para la vigilancia de variantes del coronavirus

Bruselas anima a los Estados Miembros a establecer lo antes posible, y a más tardar el 1 de octubre de 2021, un sistema nacional de vigilancia de las aguas residuales, destinado a la recogida de datos sobre el SARS-CoV-2 y sus variantes, que deberá cubrir una parte significativa de la población. Como mínimo, es sistema deberá cubrir  las aguas residuales de ciudades de más de 150 000 habitantes, preferiblemente con una frecuencia mínima de muestreo de dos muestras semanales, que podrá reducirse o aumentarse según la situación epidemiológica.

Según las circunstancias y la situación epidemiológica, deberá contemplarse seleccionar lugares de muestreo adicionales, por ejemplo en lugares turísticos durante la temporada estival. Las muestras de agua se deberan tomar en las entradas de las instalaciones de tratamiento de aguas residuales o antes. 

La propuesta es que los resultados de la vigilancia se compartan de forma rápida y eficiente con las autoridades de salud pública nacionales y, en un futuro próximo, con una nueva plataforma de intercambio europea, HERA, cuando esté operativa. La Autoridad de Preparación y Respuesta ante Emergencias Sanitarias (HERA) es una entidad de nueva creación pensada para reforzar la preparación y la capacidad de respuesta de la UE ante amenazas transfronterizas nuevas y emergentes para la salud humana.

Métodos de muestreo y análisis

Para garantizar que los métodos de muestreo y análisis sean comparables y fiables, la recomendación de la CE es que los Estados miembros garanticen que las muestras se toman a lo largo de un período de 24 horas, utilizando un muestreador de flujo o muestras tomadas a intervalos regulares, y durante períodos secos, cuando sea posible, o bien corrigiendo la influencia de los fenómenos meteorológicos mediante normalización, utilizando el caudal correspondiente de aguas residuales de 24 horas durante el tiempo de muestreo y el tamaño de población a que dé servicio el alcantarillado, para calcular las cargas virales por persona y día.

Los análisis se deberan realizar en laboratorios que sigan métodos adecuados de RT-PCR, en condiciones estándar de gestión de la calidad, y la detección de variantes se deberá basar en métodos de secuenciación genética debidamente documentados.

Los laboratorios deberan participar en pruebas de aptitud adecuadas, organizadas por proveedores acreditados, y utilizar, en su caso, materiales de referencia (certificados).

Finalmente, la CE establece unas normas de calidad específicas para la PCR/Digital-PCR (reacción en cadena de la polimerasa) y para la secuenciación genética y caracterización de mutaciones del virus, que se especifican en el anexo de la Recomendación de la Comisión.

RECOMENDACIÓN (UE) 2021/472 DE LA COMISIÓN de 17 de marzo de 2021 sobre un enfoque común para establecer una vigilancia sistemática del SARS-CoV-2 y sus variantes en las aguas residuales de la UE