Las micotoxinas son sustancias químicas tóxicas producidas por determinados hongos, que pueden contaminar algunos alimentos, especialmente cereales y frutos secos. La Asociación Española de Normalización, UNE, ha publicado la norma UNE-EN 17641, en la que se describe un método múltiple para la determinación de aflatoxinas, deoxinivalenol, fumonisinas, ocratoxina A, toxina T-2, toxina HT-2 y zearalenona por LC-MS/MS. 

La presencia de micotoxinas en los alimentos es un problema de seguridad alimentaria a nivel global, que afecta a la salud de los consumidores y a la economia internacional y que puede agravarse en el futuro próximo debido al cambio climático. En este contexto, las bacterias del ácido láctico (BAL) podrían ser de gran utilidad para inhibir o reducir el crecimiento de hongos y la producción de micotoxinas en cereales.

Entre las micotoxinas que pueden contaminar una amplia variedad de alimentos se encuentra la ocratoxina A, producida de forma natural por hongos de los géneros Aspergillus y Penicillium. Para proteger la salud de los consumidores, la CE ha establecido nuevos contenidos máximos de ocratoxina A en determinados alimentos.

Las toxinas de Alternaria constituyen un peligro de seguridad alimentaria, ya que además de causar daños en cultivos algunas de las toxinas producidas por este género de hongos son genotóxicas. La Asociación Española de Normalización, UNE, ha publicado una nueva norma en la que se describe un procedimiento para la determinación de cinco toxinas de  Alternaria en trigo, concentrado de tomate y semillas de girasol.