Los programas de muestreo de las superficies de procesado de alimentos son esenciales para detectar y prevenir la contaminación con Listeria monocytogenes,  muy especialmente en el caso de los alimentos listos para el consumo. El Laboratorio de Referencia de la UE para Listeria monocytogenes y la agencia francesa ANSES han publicado la cuarta edición de la "Guia técnica sobre muestreo del área de procesamiento de alimentos y equipos para la detección de Listeria monocytogenes".

Las nitrosaminas son compuestos químicos nocivos para la salud que pueden formarse en los alimentos como resultado de la preparación y el procesamiento de los mismos. Los nitritos y nitratos utilizados como aditivos alimentarios contribuyen a su formación, por lo que la CE ha establecido nuevas condiciones de uso de estas sustancias en la industria alimentaria.

Las micotoxinas son sustancias químicas tóxicas producidas por determinados hongos, que pueden contaminar algunos alimentos, especialmente cereales y frutos secos. La Asociación Española de Normalización, UNE, ha publicado la norma UNE-EN 17641, en la que se describe un método múltiple para la determinación de aflatoxinas, deoxinivalenol, fumonisinas, ocratoxina A, toxina T-2, toxina HT-2 y zearalenona por LC-MS/MS. 

La exposición del consumidor a las nitrosaminas en alimentos plantea un riesgo para la salud pública, según una evaluación realizada por EFSA. Las nitrosaminas pueden formarse en los alimentos durante su preparación y procesamiento, principalmente en la carne y productos cárnicos. La evaluación del riesgo se centró en diez nitrosaminas que se encuentran en los alimentos y son cancerígenas.