EFSA ha establecido especificaciones técnicas para la armonización, a nivel de la UE, de la vigilancia y notificación de las zoonosis, la resistencia antimicrobiana y los brotes de origen alimentario. El objetivo es conseguir un análisis y una interpretación correcta de la información sobre seguridad alimentaria a nivel de los estados Miembros y guiarlos en la implementación de programas de vigilancia basados en el riesgo.

Los vegetales se consideran, cada vez más, un reservorio secundario para algunas cepas de la bacteria E.coli, que habitualmente habita el tracto gastrointestinal de mamiferos pero ha adoptado estrategias para sobrevivir en las plantas. La presencia de cepas de E.coli patógenas en frutas y verduras representa un riesgo para la seguridad alimentaria.

La Comisión Europea ha publicado el informe final de la auditoría realizada en España, entre el 5 y el 15 de marzo de 2012, con el fin de evaluar los sistemas de control vigentes que rigen la producción y comercialización de la carne de aves de corral y productos de carne de ave. Las principales deficiencias se encontraron en el rendimiento de la inspección post-mortem y la auditoría de los procedimientos basados ​​en el APPCC .

Un informe de EFSA revela una disminución general de la exposición dietética a las dioxinas y los bifenilos policlorados (PCB), comparando el período 2008-10 con 2002-04, de como mínimo un 16% y hasta un 79% en la población en general y un descenso similar en lactantes y niños. Las dioxinas y los PCBs son sustancias químicas tóxicas, persistentes en el medioambiente y que pueden acumularse en la cadena alimentaria.