UNE-EN ISO 23418: Secuenciación del genoma completo de bacterias obtenidas de la cadena alimentaria

UNE-EN ISO 23418: Secuenciación del genoma completo de bacterias obtenidas de la cadena alimentaria

seguridad alimentaria

Las técnicas de Secuenciación del Genoma Completo (WGS) se están aplicando a un número cada vez mayor de problemas en la microbiología alimentaria, por las ventajas que ofrecen sobre otras tecnologías existentes. La nueva norma UNE-EN ISO 23418 especifica los requisitos mínimos para generar y analizar datos de secuenciación del genoma completo (WGS) de bacterias obtenidas de la cadena alimentaria.


 

WGS en microbiología alimentaria

Las nuevas tecnologías de Secuenciación del Genoma Completo (WGS), más rápidas, económicas y de alto rendimiento, se están aplicando cada vez más en la microbiología alimentaria. La secuenciación del genoma completo (WGS) ofrece ventajas significativas sobre otras tecnologías existentes (serotipado, electroforesis en gel de campo pulsado o la detección fenotípica de mecanismos de resistencia a los antibióticos) para muchas aplicaciones.

Por ejemplo, los análisis basados en WGS son utilizados por los laboratorios de salud pública para detectar brotes, mutaciones, genes y otras características genéticas, que permitan caracterizar la virulencia y el potencial de supervivencia de microorganismos patógenos.

Dentro de la industria alimentaria, existe también interés en utilizar secuencias genómicas completas para caracterizar aislados bacterianos de ingredientes y superficies ambientales con el fin de comprender mejor su origen y ecología, para actualizar los procedimientos y reducir el riesgo. Algunas empresas del sector han desarrollado, o están desarrollando, la capacidad de recopilar y analizar datos de secuencias del genoma completo. Otras recurren a laboratorios de terceros para realizar estos servicios, de forma similar a la realización de otros análisis microbiológicos.

La norma UNE-EN ISO 23418, publicada recientemente por la  Asociación Española de Normalización, UNE,  especifica los requisitos mínimos para generar y analizar datos de secuenciación del genoma completo (WGS) de bacterias obtenidas de la cadena alimentaria.

microbiologia alimentaria

UNE-EN ISO 23418
Microbiología de la cadena alimentaria Secuenciación del genoma completo para tipaje y caracterización genómica de bacterias. Requisitos generales y orientación

Esta norma especifica los requisitos mínimos para generar y analizar datos de secuenciación del genoma completo (WGS) de bacterias obtenidas de la cadena alimentaria (no está destinado a la secuenciación de hongos o virus).

Este proceso puede incluir las siguientes etapas:

a) manipulación de cultivos bacterianos
b) aislamiento de ADN genómico axénico
c) preparación de librerías, secuenciación y evaluación de la calidad de lectura y almacenamiento de la secuencia de ADN sin procesar
d) análisis bioinformático para determinar la relación genética, el contenido genético y la predicción del fenotipo, y la validación del pipeline bioinformático
e) captura de metadatos y depósito en base de datos de secuencias
f) validación del flujo de trabajo WGS de extremo a extremo (adecuado para el propósito de la aplicación prevista).

La norma es aplicable a las bacterias aisladas de:
– productos destinados al consumo humano
– productos destinados a la alimentación animal
– muestras ambientales de las zonas de manipulación y producción de alimentos y piensos
– muestras de la etapa de producción primaria.

Contenidos

Entre otros aspectos, en la norma se incluyen:​

  • Principios
    Generalidades
    Operaciones del laboratorio: preparación de muestras y secuenciación
    Análisis bioinformático
     - Generalidades
     - Análisis SNP
     - Análisis MLST
     - Análisis de distancia kmer
    Formatos de metadatos y depósito en la base de datos de secuencias
    Validación y verificación del flujo de trabajo WGS
  • Recomendaciones generales de laboratorio
    Aislamiento bacteriano y extracción de ADN
    Ambiente del laboratorio
    Procedimientos operativos normalizados y trabajo no conforme
    Sistema de gestión de información de laboratorio
    Competencia del laboratorio
  • Operaciones de laboratorio
    Preparación y almacenamiento de muestras
    Aislados bacterianos
    Aislamiento de ADN
    Preparación y secuenciación de librerías
     - Preparación de la librería
     - Secuenciación de ADN
     - Uso de controles
     - Evaluación de la calidad de los datos de lectura sin procesar
     - Almacenamiento y retención de muestras y datos
  • Análisis de datos bioinformáticos
    Requisitos para el software y los pipelines bioinformáticos utilizados para el análisis de datos
    Registro y documentación
    Evaluaciones de calidad
    Análisis SNP
    Análisis MLST (cgMLST y wgMLST)
    Detección de genes objetivo
    Generación de árbol filogenético o dendrograma
    Métricas y archivos de registro
    Interpretación y notificación de los resultados de los análisis bioinformáticos
     - Interpretación de los resultados de los pipelines bioinformáticos
     - Informe de los resultados del análisis genómico
  • Metadatos
    Generalidades
    Interoperabilidad de metadatos y preparación para el futuro
     - Generalidades
     - Ontologías
     - ISO WGS Slim
    Formateo de metadatos usando este documento
    Metadatos asociados con la recogida de muestras
    Metadatos asociados al aislado
    Metadatos asociados a la secuencia
  • Bases de datos de secuencias
  • Validación y verificación
    Validación
     - Generalidades
     - Validación de operaciones de laboratorio
     - Validación del pipeline bioinformático
     - Validación del flujo de trabajo de extremo a extremo
    Verificación
     - Generalidades
     - Verificación de operaciones de laboratorio
     - Verificación del pipeline bioinformático
  • Anexo A (Informativo) Desarrollo de métricas de calidad y uso de controles
  • Anexo B (Informativo) Campos de información de contacto del laboratorio
  • Anexo C (Informativo) Ubicación geográfica de los campos de recogida de muestras
  • Anexo D (Informativo) Aislar campos de historial de pases
  • Anexo E (Informativo) Campos de resultados y métodos de antibiograma
  • Anexo F (Informativo) Campos de métodos y detección de factores de virulencia.
  • Anexo G (Informativo) Métricas de control de calidad de la secuencia
  • Anexo H (Informativo) Especificación de metadatos
  • Anexo I (Informativo) Instrucciones para la integración de ontología reducida (Slim) por parte de los desarrolladores de software

 

Fuente: ISO y  Asociación Española de Normalización, UNE

 

 

 

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